| 明治36年(1903年) 4月 | 水産試験場を現在の宮崎市青島に設置 |
| 明治44年(1911年) 4月 | 宮崎県庁内に移転 |
| 昭和12年(1937年) 8月 | 油津分場を現在の日南市油津、出張所を現在の延岡市土々呂に設置 |
| 昭和16年(1941年) 4月 | 水産試験場を県庁から現在の日南市油津に移転、油津分場を廃止 土々呂出張所を分場に昇格 |
| 昭和22年(1947年) 4月 | 水産指導所（淡水部門）を宮崎市恒久に設置 |
| 昭和22年(1947年)10月 | 水産試験場と水産指導所を廃止、新たに遠洋（日南市油津）、 沿岸（延岡市土々呂）、 淡水（宮崎市恒久）の各漁業指導所して発足 |
| 昭和31年(1956年) 3月 | 淡水漁業指導所小林総合養魚場を小林市南西方に設置 |
| 昭和45年(1970年) 4月 | 水産試験場を宮崎市青島に再設置し、各漁業指導所を廃止、 日南分場（日南市油津）、延岡分場（延岡市土々呂）、 小林分場（小林市南西方）を設置 |
| 昭和55年(1980年) 5月 | 水産試験場本場内に魚病指導総合センターを設置 |
| 昭和56年(1981年) 4月 | 延岡分場を延岡市熊野江町に移転、栽培漁業センターを併設 |
| 昭和57年(1982年) 3月 | 綾試験地（東諸県郡綾町）を廃止 |
| 昭和62年(1987年) 3月 | 日南分場（日南市油津）を廃止 |
| 昭和63年(1988年) 2月 | 水産試験場本場内に水産物加工指導センターを設置 |
| 平成 2年(1990年) 4月 | 水産試験場内の増養殖研究施設を増改築 |
| 平成 4年(1992年) 3月 | 延岡分場・栽培漁業センター（延岡市熊野江町）を廃止 |
| 平成 7年(1995年) 3月 | 小林分場施設更新 |